Sistem Penjaminan Mutu di Universitas Doktor Nugroho Magetan dilaksanakan oleh Badan Penjamin Mutu Internal (BPMI). Seperti yang tercantum dalam statuta Universitas Doktor Nugroho Magetan pada Bab XII bagian Sistem Penjaminan Mutu Internal, BPMI melakukan monitoring, evaluasi dan meningkatkan kualitas penyelenggaraan Tridharma Penguruan Tinggi di lingkungan Universitas Doktor Nugroho Magetan sesuai dengan standar mutu yang telah ditetapkan.

              Ekspektasi yang tinggi dari pemangku kepentingan (stakeholder) menjadi salah satu tanggung jawab BPMI meningkatkan kualitas penyelenggaraan Tridharma Penguruan Tinggi di lingkungan Universitas Doktor Nugroho Magetan BPMI sebagai penjamin mutu di Universitas Doktor Nugroho juga diharuskan dapat melaksanakan evaluasi dan monitoring pedidikan tiap semester dalam upaya meningkatkan kualitas proses akademik lulusan dan sumber daya manusianya.

               Pengakuan kualitas akademik Universitas Doktor Nugroho di level nasional maupun internasional akan menjadi faktor penentu dalam menggapai visi yang telah dicanangkan. Peningkatan kualitas sumber daya manusia di lingkungan internal dan eksternal Universitas Doktor Nugroho Magetan akan mempermudah kerjasama dalam mencapai tujuan lembaga dengan berpedoman pada standar mutu dan secara berkelanjutan berupaya dalam meningkatkan mutu